低端凝膠成像配套軟件功能簡陋，僅支持簡單拍照，無自動泳道識別、分子量計算功能，全部依靠人工標注條帶，人為誤差極大；軟件收費升級，新增菌落、斑點雜交功能需要額外付費，無專業售后培訓，新手操作門檻。多數軟件僅支持圖片保存，無法導出標準化 Excel 定量數據，論文、質檢報告需要手工錄入數值，效率低下且易出錯，不滿足 GMP、科研數據歸檔要求。